Học phần gồm 5 chương bao gồm các nội dung chính như sau: Đặc điểm chung của vi sinh vật trong môi trường đất, nước; Vai trò của vi sinh vật đối với sức khỏe động vật thủy sản; Quan hệ của vi sinh vật với các sinh vật khác trong một hệ sinh thái; Vi sinh vật gây bệnh trên động vật thủy sản (Vi khuẩn, vi rút, nấm); Vi sinh vật gây hư hỏng sản phẩm thủy, hải sản; Phương pháp chẩn đoán chuyên sâu bệnh do vi sinh vật gây ra; Những ứng dụng của vi sinh vật học trong nuôi và phòng bệnh động vật thủy sản.

Học phần gồm 3 bài thực hành với nội dung: Chuẩn bị dụng cụ và làm quen với trang thiết bị trong phòng thí nghiệm; Phân lập và nuôi cấy vi sinh vật; Trình bày kết quả thực hành và thảo luận.